ニホンヤマネはヨーロッパヤマネのように森林の生木を害したり、果樹園を荒らすことはなく、夜の森でひっそりと暮らしている。そればかりか、天然記念物でありながら、国も、どの都道府県も、それぞれの地域の生態実態の資料をもたず、その存在が知られないまま、各地で森の大規模な開発が進んでいるのが現状である。