日本固有種であるクビワコウモリは、1989年に中部山岳国立公園乗鞍高原でコロニーが発見されるまでは、本部中部と関東でわずか10頭程度確認されていたにすぎませんでした。現在でも乗鞍高原が唯一の繁殖場所といわれています。クビワコウモリは本来樹洞などを生息場所としますが、近年の森林減少などの環境変化により、現在は2ヵ所の宿泊施設の壁板の内側をコロニーとしています。しかし、これらの宿泊施設においても老朽化による改修計画が持ち上がったため、助成金で陣穀的な繁殖施設を設置して繁殖場所を確保し保護していきます。