1970年までさかんに行われた国有林の大規模伐採により、屋久杉をはじめとした自然林はほとんど伐り尽くされ、林業が衰退。過疎化とともに森林は人の手が入らず放置されている。島の固有種ヤクシマシャクナゲも盗掘によって自生地が激減。日本一のアカウミガメの上陸産卵地である永田いなか浜では、砂浜の減少や観光客の増加によりウミガメの産卵環境に大きな影響を及ぼしている。