20世紀当初、阿寒湖では、シュリコマベツ湾、大崎、チュウルイ湾、キネタンペ湾の4ヶ所で球状マリモの生育が確認されていたが、現在はチュウルイ湾とキネタンペ湾の水深１〜３mの浅い湖底のごく限られた場所に生息しているだけで、この２つの湾でも、球状マリモはかなり減っており、1997年には絶滅危惧種に指定された。